虫鸟兽类栖身之处。

南朝宋颜延之《北使洛》诗：“宫陛多巢穴，城闕生云烟。”唐元稹《蛒蜂》诗之三：“雷蛰吞噬止，枯焚巢穴除。”清孙枝蔚《咏物诗·虱》：“物各有巢穴，蝨独异行藏。”

上古先民构木为巢，穴居野处，故称其栖息之处为“巢穴”。

晋葛洪《抱朴子·讥惑》：“上圣悼混然之甚陋，愍巢穴之可鄙，故构栋宇以去鸟兽之羣，制礼数以异等威之品。”

喻隐居之地。

《后汉书·周燮传》：“吾既不能隐处巢穴，追綺季之跡，而犹显然不远父母之国，斯固以滑泥扬波，同其流矣。”宋王安石《豫章道中次韵答曾子固》：“庞公有意安巢穴，肯问簞瓢与万钟！”

敌人或盗贼盘踞之地。

明张居正《答殷石汀计剿海寇书》：“林贼既失巢穴，飘泊海上，必不能久，宜与闽中约会图之。”袁水拍《在一个黎明》诗：“在一个永远忘不了的黎明，人民解放了反动派最顽强的巢穴。”